Naast de publieke markt kent NPEX ook een besloten (interne) markt voor het administreren en verhandelen van medewerkersparticipaties en voor effecten die uitgegeven zijn in besloten/beperkte kring. Het softwarebedrijf CloudSuite uit Houten was in 2011 de eerste onderneming met een notering aan de besloten markt van NPEX.