Naast de publieke markt kent NPEX ook een besloten (interne) markt voor het administreren en verhandelen van medewerkersparticipaties en voor effecten die uitgegeven zijn in besloten/beperkte kring. Het softwarebedrijf CloudSuite uit Houten was in 2011 de eerste onderneming met een notering aan de besloten markt van NPEX.

NPEX is met het Amsterdamse Effecten Kantoor (AEK) overeengekomen dat per 13 oktober 2010 de incourante markt door NPEX voortgezet zal worden. NPEX werd hiermee de effectenbeurs voor het MKB. Vanaf die dag werden de aandelen PontMeyer (het huidige TABS Holland), Beurs Rotterdam en Maatschappij Wilhelmina verhandelbaar via NPEX.

Begin 2009 waren alle voorbereiding (regelgeving, vergunning, Stichting NPEX Bewaarbedrijf, website, IT platform e.d.) om met een dergelijk platform van start te gaan getroffen.  Op maandag 2 februari ging NPEX officieel van start met een opening door de toenmalige staatssecretaris van Financiën Jan Kees de Jager, AFM-bestuurder Theodoor Kockelkoren en Annexum CEO Huib

In 2008 hadden Frans van de Broek, Adriaan Hendrikse en Aernoud Dekker het plan opgevat om een platform op te richten, waardoor de markt voor vastgoedinvesteringen beter zou gaan functioneren. Met de hulp van de zogenoemde ‘Innovation Room’ van het Ministerie van Financiën en veelvuldig overleg met de toezichthouders AFM en DNB werd

In het eerste kwartaal van 2020 werd voor meer dan € 10.000.000 ingeschreven. Toen raakte de coronacrisis de hele wereld hetgeen terughoudendheid bracht bij de beleggers. Ondanks corona groeide het aantal actieve beleggers en werd in 2020 toch nog in totaal € 21.319.000 geplaatst. 2020 was voor NPEX een belangrijk jaar omdat zij overstapte naar

Nederland zat begin 2022 nog steeds in een lockdown. De vooruitzichten over het loslaten van de corona maatregelen waren echter positief en op 15 februari 2022 kondigde de Minister van VWS aan dat de maatregelen in drie stappen zouden worden opgeheven. Een mooi moment voor iedereen maar zeker ook voor ondernemend Nederland. NPEX maakt